奥门永利总站网址测序结果已覆盖92%的平凡野生稻全基因组,的日常性野生稻全基因组

近日,中科院昆明植物研究所完成了亚洲栽培稻里5个物种的全基因组测序,有望进一步推动水稻品种改良。
在水稻与其他约23个物种共同组成的稻属植物中,…
近日,中科院昆明植物研究所完成了亚洲栽培稻里5个物种的全基因组测序,有望进一步推动水稻品种改良。
在水稻与其他约23个物种共同组成的稻属植物中,它和7个稻种都是AA基因组类型,这些水稻近缘物种间断分布于亚洲、非洲、澳洲和南美洲的热带与亚热带地区。由于与水稻有着密切的亲缘关系,它们蕴藏着相当多人类尚未认识与利用的优异基因。
中科院昆明植物研究所高立志研究员带领的植物种质资源、基因组学与生物信息学研究团队,自2007年以来通过基因组建库与测序关键实验技术的掌握和基因组序列拼接、注释与分析等生物信息学平台的构建,低成本、自主完成了稻属植物AA-基因组5个物种核基因组的测序和拼接,获得了高质量基因组参考序列。

继粳稻基因组的精细图谱获得和我国科学家自主测序完成籼稻基因组的框架图谱之后,该普通野生稻全基因组框架图谱的获得以及精细图谱的进一步绘制,不仅大大促进水稻重要功能基因的规模化解析与鉴定,为高通量地发掘利用普通野生稻丰富的优异基因资源提供了前所未有的机遇,还将有效推动我国水稻的品种改良和种质创新,使深入认识亚洲栽培稻的起源与驯化机制成为可能。

88554″>

在云南省自然科学基金重点项目、云南省高端科技人才项目、中科院“百人计划”海外杰出人才择优支持项目和中科院方向性重点项目的支持下,高立志等通过中国西南野生生物种质资源库先进的基因组学与生物信息学的平台研究表明,普通野生稻的基因组大小约为3.70亿个碱基对,含有的基因总数约为4.0万个,测序深度已达基因组大小的70倍,测序结果已覆盖92%的普通野生稻全基因组,基因覆盖度约为90%以上。目前,他们正在加紧绘制普通野生稻的基因组精细图谱。

人民网8月26日报道
中科院网站消息,2010年8月,中科院昆明植物所高立志研究员团队完成普通野生稻基因组高覆盖的序列测定、拼接和组装工作,获得普通野生稻全基因组从头测序的框架图,基因组图谱达到国际领先标准。这是我国科学家自主完成的第一个野生稻全基因组测序计划,也是世界上第一个完成的高杂合度野生稻全基因组框架图谱。

关键字:普通野生稻 全基因组框架图 栽培稻

高立志带领的团队涵盖植物种质资源、基因组学与生物信息学。该项目历时一年,运用了新一代高通量测序技术以及基于高性能超算的生物信息学分析。本项目主要依托于2009年底顺利通过国家验收的国家大科学工程“中国西南野生生物种质资源库”先进的基因组学与生物信息学平台。测序工作主要由第二代高通量测序仪Solexa
GA
II完成,生物信息学分析则依托于种质资源库建成的“中国科学院超算中心西南分中心”10万亿次/秒的计算能力、512
GB的大内存节点和100 TB的存储的超算平台。